なんとなくのイメージですが
運休（運行中止）＝特定の列車（”ひかり何号”などの列車番号毎）が出発しないことが決定した。
運行見合わせ＝列車を正規時刻を遅らせても出発させるか、列車ごとに運休（間引き運転）させるかなど検討中。

前者の場合は１日で運行される総列車数が減る。
後者の場合は１日の運行列車本数はこなす可能性がある、とか。

運行停止という名称でも良い気はしますが、運休と運転中止もどちらも使われている気もしますし
運行停止も使われているかも？

わたしも「見合わせる」は「安全を考慮して、一時的に運転を止める（強風でリフトを動かせないなど）」というニュアンスに取れるので、
故障や事故などで動かせない状態なら、運休、運転停止のほうが合ってると思います。
日本語でも英語でも、長い文字のほうが丁寧に印象づける傾向があるらしく、その影響もあるのでは？

＞「見合わせ」という言葉と、鉄道における「運転見合わせ」は、若干、意味合いがずれているような気がす
そんなことは無い。
例　１　「身内に不幸があったので彼は旅行の実施を見合わせた。」
例　２　「台風通過による強風のために常磐線は現在運行を見合わせている。」

全く同じ意味で使われているのが分かるだろう。実質の運休であるが、この場合は自然現象による鉄道会社の自主的な判断によりこれを行ったのであり、１）では彼の身内への恨みがこめられており、２）ではJR幹部の、われわれには何の責任も無い。恨むなら自然を恨め、という強い責任放棄のメッセージがこめられているのだ。
かように日本語には便利な用法がある。日本人なら、この機微を理解しなければならない。

本日（昨日？）まさに直面しました。
ある駅でJRは早々と「本日の運転を中止する」と言ってホームへのシャッターを下ろしてしまいましたが
同じ駅の私鉄は「運転を見合わせている」と言い続け、日付が変わるかどうかという時間になって
「運転を再開。終日運転する（次の始発まで真夜中も）。ただし特別なダイヤで各駅停車のみ」といった具合。

皆様何事もないと良いのですが。
ウチは本が崩れたくらい（ただしけっこうな量（笑））