２番目にお並びの〜なら良いのかな。
並んでいるのがフォーク並びなのかそうでないかにもよる？

実際にレジで会計している人を一番目の人と考えれば問題ないはず。

レジで会計している人は、すでに「お待ちのお客様」ではないので、その人を一番目と考えるのはやはり不自然な気がします。

会計処理待ちじゃないですか。
弁当温めてるとか、レジ入力中とか、おつり数え中とか。

>会計処理待ちじゃないですか。
なるほど！

会計処理待ちをカウントするのなら、レジが３つあって、その一つが空いて行列から客を呼ぶ場合には、（すでに他の２つのレジで２人が会計待ち状態なので）「３番目にお待ちのお客様」と呼ばなくてはならないのでは？でも、そんなのは聞いたことがないですね。

すでに他の２つのレジで２人が会計待ち状態の場合、その後ろに並んでいる２人の間でどちらが３番目でどちらが４番目かを把握するのは難しいと思います。本人たちでも意識してないケースが多いでしょうから。
「隣のある１列」において「２番目に会計処理待ち」のお客様を呼んでいるのでしょう。

そもそもお客に対してそういう呼びつけ方をするのがおかしい。
店員が接客したい人を直接レジまで案内すればすればいいだけのこと。
レジ係の怠慢がこういうシステムを作り上げたんだろうね。。とえらそうにいってみるｗｗｗ